ФЭНДОМ


VMD (Theoretical and Computational Biophysics Group, University of Illinois) - одна из лучших программ для молекулярной визуализации


Основы Править

Исследование Различных Выборов Править

Давайте смотреть на различного независимого политика (и интересный) части нашей молекулы.

  • В поле Selected Atoms окна Graphical Representations удаляют слово all, печатают helix (спираль) и нажимают кнопку Apply. VMD покажет только helices (спирали) в нашей молекуле.
  • В окне Graphical Representations выбирают закладку Selections. В секции Singlewords Вы найдете список возможных выборов, которые Вы можете напечатать. Например, попытайтесь показать Бета-листы вместо helices, печатая соответствующее слово в Отобранном текстовом входе Атомов. Комбинации булевых операторов могут также использоваться при письме выбора.
  • Чтобы видеть молекулу без helices и листов, напечатайте следующее в Selected Atoms: (not helix)and(not betasheet)
  • В секции Keyword Вы можете видеть свойства, которые могут использоваться, чтобы выбрать части белка с их возможными ценностями. Cмотрите на возможные ценности Keyword resname (d). Покажите все Лизины и подарки Глицинов в белке, печатая (resname LYS)or(resname GLY). Лизины играют фундаментальную роль в конфигурации polyubiquitin цепей.
  • Теперь, изменение Drawing Method текущего представления к стилю CPK и Coloring Method к ResName в закладке Draw Style. В экране Вы будете в состоянии видеть различные Лизины и Глицины. Сколько из каждого Вы можете видеть?
  • В поле Selected Atoms введите water. Выберите Coloring Method -> Name. Вы должны видеть эти 58 молекул воды (фактически только oxygens) в нашей системе.
  • Чтобы видеть, какие молекулы воды ближе к белку, в пределах которого Вы можете использовать команду within. Напечатайте water and within 3 of protein. Это выбирает все молекулы воды, которые являются в пределах расстояния 3 ангстремов от белка.

Многократные Молекулы Править

Вы будете учиться иметь дело с многократными молекулами одновременно. Вы также покроете основы Tcl scripting при использовании этого, чтобы отредактировать атомные данные, выровнять две молекулы, и покрасить молекулу согласно расчетным свойствам.

См. также Править

Ссылки Править

Материалы сообщества доступны в соответствии с условиями лицензии CC-BY-SA , если не указано иное.